兒童孤獨癥病因尚不明確,可能由遺傳、圍生期、免疫、環(huán)境等因素所致。
　　遺傳：
　　遺傳因素對孤獨癥的作用已趨于明確,但具體的遺傳方式還不明了。
　　圍生期因素：
　　圍生期發(fā)生各種并發(fā)癥者，如產(chǎn)傷、 宮內窒息等,較正常對照組多,免疫系統異常發(fā)現T淋巴細胞數量減少,輔助T細胞和B細胞數星減少、抑制-誘導T細胞缺乏、自然殺傷細胞活性減低等。
　　神經(jīng)內分泌和神經(jīng)遞質(zhì)：
　　與多種神經(jīng)內分泌和神經(jīng)遞質(zhì)功能失調有關(guān)。研究發(fā)現孤獨癥患者的單胺系統,如5羥色胺(5-HT )和兒茶酚胺發(fā)育不成熟,松果體-丘腦下部-垂體-腎上腺軸異常,導致5-HT、內啡肽增加,促腎上腺皮質(zhì)激素( ACTH )分泌減少。
　　心智理論”指出，一個(gè)人只用自己的觀(guān)點(diǎn)來(lái)看世界時(shí)，是不能了解別人的。許多孤獨癥患者也同樣不能了解和比較別人的看法、無(wú)法計劃及理解眼前的景觀(guān)。舉例來(lái)說(shuō)，當一個(gè)孩子被要求拿出一張植物的圖片給人看時(shí)，他會(huì )將有畫(huà)面的那面朝向要看的人；而孤獨癥的孩子卻可能會(huì )將圖片背面朝向他人．從這個(gè)例子來(lái)看，孤獨癥孩子將圖片背面示人的原因是他們不知道自己眼前的景觀(guān)和別人看到的是不同的．大約百分之十的孤獨癥者有超乎常人的特別技能.
    這些技能通常是在是常可見(jiàn)的，比如說(shuō)在音樂(lè )和藝術(shù)上的天賦，還有的特別是數學(xué)能力，有的能夠馬上心算出一筆很大的數目、馬上說(shuō)出哪一天是星期幾或者是全部的航空時(shí)刻表。許多患者也常會(huì )有窄小的注意力范圍，這就是所謂的“刺激的過(guò)度選擇性”。基本上，他們的注意力通常是集中在某個(gè)事物的單項、不相關(guān)的層面。例如，他們只是注意到器具的顏色而忽視了它的形狀。由于注意力是學(xué)習知識和獲得經(jīng)驗的第一個(gè)要素，因此，一個(gè)人一旦不能集中，便可能限制了他在自然環(huán)境中的學(xué)習能力。
    這些感覺(jué)器官可能過(guò)度敏感也可能過(guò)度遲鈍，這也許歸因于個(gè)人的身體條件。